Переходный юношеский возраст, полный нередко тяжелых душевных кризисов, протекает у каждого по-разному. У Макарова этот критический период протекал очень остро. Но благодаря природной твердости характера и выдержке он держал себя в руках и не распускался. Дневник и книги были лучшим для него утешением. Макаров всегда любил чтение, читал самые разнообразные книги — и научные, и путешествия, и исторические, зачитывался русскими классиками, особенно Тургеневым и Пушкиным.

Близилось время сдачи выпускных экзаменов. Воспитанники училища усиленной зубрежкой старались наверстать упущенное. Занимались с утра до ночи. Но Макарову нечего было бояться, он знал все настолько основательно, что учителя, уверенные в его знаниях, ставили ему хорошие отметки, даже не спрашивая его. Но сам он не считал свои знания достаточными. «Я не ленюсь, — записывает он в дневнике, — а постоянно занимаюсь, но зло в том, что я сразу берусь за все, а гоняясь за двумя зайцами, ни одного не поймаешь. Эх, ежели бы я имел с моего раннего возраста хорошего наставника, который мог бы установить твердо мой характер и заставить меня прямо и неуклонно следовать по одному направлению, не блуждая то в ту, то в другую сторону».

Незаметно подошло время экзаменов. Макаров отлично сдал все предметы и окончил училище первым. Адмирал Казакевич поздравил его и сообщил, что сделал представление в Петербурге о производстве его за отличные успехи, способности и поведение не в кондукторы флотских штурманов, которых выпускает Николаевское училище, а в корабельные гардемарины, что дает ему возможность стать Мичманом, а затем поступить в морскую академию. Предварительно же ему необходимо было летом идти в учебное плавание.

Вскоре Макарова назначили на транспорт «Америка». Плавание началось неудачно. По причине сдвижки льдов пароход «Америка», вышедший в плавание очень рано, сел на мель, да так основательно, что потребовались сложные и продолжительные работы, чтобы спасти корабль.