С первых же дней пребывания на пароходе у Макарова установились самые лучшие отношения с капитаном.

Зоркий глаз бывалого моряка быстро распознал в кадете молодого собрата по профессии и оценил хорошую школу, пройденную им. Свое доверие к Макарову он выразил тем, что разрешил ему стоять четвертую вахту в очередь и наравне с тремя давно уже плававшими штурманами.

— Ты, я вижу, парень дельный, хоть и молод. Не подкачаешь! — сказал он в напутствие.

Можно себе представить восторг Макарова, ничего так никогда не жаждавшего, как самостоятельности. В часы вахты он чувствовал себя полным командиром парохода, пересекавшего Тихий океан; ему подчинялись рулевые, вахтенные матросы, машинное отделение; он не побоялся ответственности и хорошо справился со своими обязанностями. 4 июля тихоходный «Александр II» прибыл в Аян — порт на берегу Охотского моря, во времена Российско-американской компании игравший значительную роль. Отсюда на канонерской лодке «Морж» Макаров отправился в Николаевск, куда и прибыл 8 августа 1864 года.

Макарову исполнилось только шестнадцать лет, но он был уже настоящим моряком, изучившим морское дело. И если бы после первых вахт на «Александре II» Макарову предложили стать командиром небольшого парохода, он, вероятно, не отказался бы.

По возвращении домой он тотчас отправился к контр-адмиралу Казакевичу и вручил ему письмо Попова. Прочитав его, Казакевич выразил уверенность, что все сказанное в письме о его подателе не комплимент, а сущая правда. Слово Попова в то время имело значительный вес, и Казакевич почувствовал немалое удовлетворение, прочитав характеристику рекомендованного им питомца.

Училище отметило успехи Макарова поощрительным мероприятием: ввиду недостатка учителей старшему воспитаннику Степану Макарову было поручено заниматься с младшими учениками.