Большим преимуществом для Макарова было то, что он с первых же шагов обучения морскому делу встретил людей, увидевших в нем редкие способности и прилежание и тепло, по-отечески отнесшихся к нему.

Слух о примерном поведении и способностях кадета Макарова дошел и до контр-адмирала П. В. Казакевича,4 бывшего в ту пору военным губернатором Приморского края и командующим Сибирской флотилией, человека просвещенного и гуманного. «Нет никого в Николаевске, кто бы не был ему чем-нибудь обязан», — вспоминал впоследствии о нем Макаров. Казакевич заинтересовался кадетом, пригласил его к себе, а когда закончились в училище занятия, назначил Макарова в Тихоокеанскую эскадру, которой в это время командовал известный адмирал А. А. Попов.5 Произошло это на пятый год пребывания Макарова в училище.

Попов был отзывчивым и гуманным человеком, умел хорошо разбираться в людях. Он обратил серьезное внимание на Макарова и предсказал ему блестящую будущность. Но характер у Попова был неровный. От ласки и самого внимательного отношения он быстро переходил к вспышкам гнева и иногда бывал несправедлив. Самолюбивый Макаров со временем охладел к своему учителю, но сохранил о нем самые лучшие воспоминания.

В эскадре Попова Макаров плавал с июля 1863 года по май 1864 года сначала на клипере «Абрек», а затем на флагманском корвете «Богатырь».6 Отправляя Макарова на выучку к Попову, адмирал Казакевич руководствовался самыми лучшими намерениями. Он надеялся, что с окончанием кампании Попов заберет с собой в Петербург такого способного кадета, как Степан Макаров, и устроит его в морской корпус, где он и завершит свое военно-морское образование. Однако обстоятельства сложились иначе: по распоряжению из Петербурга Казакевич вытребовал Макарова обратно в Николаевск.

Девятимесячное плавание на образцовом корвете «Богатырь» сыграло исключительно важную роль в жизни Макарова.